Hola Francesc,
Nada es imposible :D, aunque ésta vez lo tendrás que hacer por código (o por lo menos yo sólo lo sé hacer así).
No es complicado. Para empezar creas una aplicación de consola en con el vs.net en la misma máquina que tengas el sharepoint instalado y añades una referencia a la dll de Windows Sharepoint Services (Microsoft.Sharepoint.dll) .
Lo que tienes que hacer es obtener una referencia al SPWeb de tu sitio, ahí está la colección de listas, así que puedes obtener referencias a las dos listas a fusionar, crear una nueva e iterar por todos los items para ir copiando sus SPField.
Dependiendo de lo que contenga la lista puede que haya cosas que no se copien, por ejemplo, con éste método no se copiaran los attachments ni los ficheros que tenga (en la propiedad Files) puesto que esto se hace usando el método CopyTo de cada File.
Espero que te sirva, te adjunto un ejemplo.
Juan M. Servera